1998年3月6日，原国家教委出台《教育行政处罚暂行实施办法》，首次从教育行政处罚的实施机关、管辖权限、处罚种类、主要违法情形、处罚程序与执行方式等多个方面作出了较为详细的规定。

1999年12月2日，教育部印发《关于加强教育法制建设的意见》，提出加大教育行政执法力度，落实教育行政执法责任制的问题，并从明确执法程序、充分发挥教育法制工作机构的作用、加强教育行政执法队伍建设、完善多元救济机制等方面提出了具体要求。

2004年3月22日，国务院出台《全面推进依法行政实施纲要》，提出“理顺行政执法体制，加快行政程序建设，规范行政执法行为”，从深化行政执法体制改革、严格按照法定程序行使权力履行职责、健全行政执法案卷评查制度、建立健全行政执法主体资格制度与推行行政执法责任制五个方面提出了具体要求。

2010年7月29日，中共中央、国务院公布《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010—2020年）》，提出“探索教育行政执法体制机制改革，落实教育行政执法责任制”，将其作为推进依法治教工作的有力抓手。

2013年11月12日党的十八届三中全会通过《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》，2014年10月23日党的十八届四中全会通过《中共中央关于全面推进依法治国若干重大问题的决定》，从相对集中行政执法权、减少执法层级、完善执法程序，规范执法裁量、加强执法监督、严格执法人员资格审查等多个方面对深化行政执法体制改革做了总体部署，为改进教育行政执法工作指明了方向。

2014年6月10日，教育部办公厅印发《关于开展教育行政执法体制改革试点工作的通知》，鼓励各试点单位在部门内综合执法、跨部门联合执法、设立专门执法机构、充实基层执法力量、创新执法方式等方面先行先试，为进一步深化教育行政执法体制改革提供了借鉴，积累了经验。

2015年5月4日，教育部出台《关于深入推进教育管办评分离促进政府职能转变的若干意见》，提出综合运用行政处罚、行政强制等强制性执法方式与行政指导等非强制性执法方式，保障教育法律和政策有效实施。

2016年1月7日，教育部印发《依法治教实施纲要（2016—2020年）》，提出建立权责统一、权威高效的教育行政执法体制机制，在建立健全行政裁量权基准制度、严格执行重大行政执法决定法制审核制度、推行行政执法公示制度、建立执法案卷归档评查和责任追究制度等方面提出了具体要求。

2019年12月19日，教育部印发《关于加强教育行政执法工作的意见》，将深化教育行政执法体制改革作为推进教育治理体系和治理能力现代化的重要抓手，提出了“加快建立健全权责清晰、权威高效的教育管理体制和政府统筹、部门合作、上下联动的执法工作机制”的总体目标，在系统归纳整理相关政策文件的基础上，从规范性、效用性、协同性三个维度为新时代深化教育行政执法体制改革提出了重要顶层设计。